Vandens keliai yra daug kuo panašūs į sausumos kelius: reikia investicijų, specialios technikos ir žinių juos sukuriant ir eksploatuojant. Lietuvos gamtinės sąlygos lemia, jog upių vagose, Kuršių ir Kauno mariose kaupiasi sąnašos, kurios tampa kliūtimi laivybai. Tad Vidaus vandens kelių direkcija nuolatos rūpinasi Lietuvos vandens kelių valymu ir vagų reguliavimu, ženklina farvaterį, vykdo hidrografinius darbus.
Laivakelio seklumų šalinimo darbus atlieka VVKD žemsiurbė “UPYNA”. Tai didelio našumo sąnašų šalinimo įrenginys – per dieną ji gali pašalinti apie 2000 m3 sąnašinio grunto, sutvarkyti apie 100 m ilgio vandens kelio ruožą.
Šio tipo žemsiurbės yra vienos populiariausių ir našiausių žemsiurbių visame pasaulyje. Vertinamos dėl savo universalumo ir ypatybės kasti/siurbti net ir sunkias medžiagas kaip molis, akmenuotas gruntas ir kt.
Vandens kelio tvarkymo metu upės dugne esantis sąnašinis smėlis iškasamas ir išpilamas į specialiai atrinktas pakrančių vietas.
Upės dugno gruntas į pakrantę pilamas kartu su vandeniu, tad jis yra nesusigulėjęs ir primena lakųjį smėlį. Paprastai toks smėlis susiguli ir vanduo iš jo išteka per keletą dienų.
Nemuno vagoje yra pilamos ir dirbtinės smėlio salos, skirtos mažųjų upinių žuvėdrų perimvietėms.
Jos jau yra supiltos Natura 2000 paukščių apsaugai svarbioje Nemuno upės vagoje tarp Kulautuvos ir Smalininkų bei Nemuno žemupyje.
