Iš Mickaičio gavęs radijo imtuvą, P. Paulaitis, suprasdamas daugelį kalbų, galėjo susidaryti teisingesnę nuomonę apie tikrąją padėtį vokiečių-rusų fronte. Šią informaciją jis skelbdavo atsišaukimuose. P. Paulaičio iniciuoti mokiniai, pasiskirstę į keturias grupes, 1941 m. gruodžio 22 d. naktį Jurbarke pakeitė visus vokiečių kalba parašytus gatvių pavadinimus. Nuėmė prie įvažiavimų į Jurbarką pritvirtintas lentas, kuriose skelbė, kad mieste žydų nėra. Tai buvo labai rizikinga akcija.
1942 m. vasario 16 d. P. Paulaitis įsteigė antinacistinę organizaciją – Lietuvos laisvės gelbėtojų sąjungą (LLGS), kuri jungė per 4000 narių. Sąjungos valdybą (pirmininkas P. Paulaitis) sudarė septyni nariai – Jurbarko valsčiaus inteligentai. Organizacijos tikslas buvo atkurti nepriklausomą Lietuvą su sostine Vilniumi ir Klaipėdos uostu. Tikslui įgyvendinti buvo parengta 19 punktų programa. 1942 m. kovo mėn. buvo išleistas pirmasis LLGS laikraštis „Lietuviški atgarsiai“. Per atsišaukimus, nelegalią spaudą buvo raginama nepaklusti vokiečių karinei valdžiai, siekiančiai iš Lietuvos šaukiamojo amžiaus vyrų įkurti SS legioną. Vokiečiai buvo numatę surinkti net 100 tūkstančių būsimų karių. Lietuvoje tai nepavyko įgyvendinti.
1943 m. spalio pabaigoje Jurbarko gimnazijoje buvo suimtas mokytojas P. Paulaitis. Gabenant į Kauną, gestapininkai su suimtuoju apsistojo Kaltinėnų policijos viršininko namuose, kur viršininko žmona paruošė vaišes. Susiklosčius palankioms sąlygoms, Paulaičiui pavyko pabėgti. Po pusantros paros pasiekė Kalnėnus, tačiau gyventi tėviškėje buvo rizikinga, tad slapstėsi pas Kaminskus, kitus kaimynus.
Į Antrąjį pasaulinį karą įsitraukus JAV, buvo aišku, kad Vokietija karą pralaimės. Lietuvos karininkija nuo besiartinančios Raudonosios armijos ruošėsi ginti savo šalies sienas. 1944 m. vasario 16-ąją generolas Povilas Plechavičius per radiją kreipėsi į Lietuvos tautą, ragindamas stoti į Vietinę rinktinę. Valsčiuose buvo įkurti mobilizacijos punktai. Iki balandžio mėn. buvo suformuota 14 batalionų savanorių. Savanoriai iš Jurbarko, Raseinių ir Šakių rinkosi Seredžiuje, kur buvo suformuoti 309 ir 310 batalionai. Vienam jų, 310-am, vadovavo būsimasis Lietuvos laisvės kovų sąjūdžio tarybos prezidiumo pirmininkas Jonas Žemaitis-Vytautas, tuo metu kapitono laipsnį turėjęs karininkas. Jurbarkiečiai iškilmingai palydėjo savo gynėjus. Petras Paulaitis LLGS nariams, stojusiems į Vietinę rinktinę pasakė, jei vokiečiai juos mėgintų prievarta išvežti į Vokietiją, jie privalo pabėgti ir grįžti į gimtinę.
Vokiečių karinė valdžia iš pradžių leidusi formuoti Vietinę rinktinę, vėliau stengėsi ją integruoti į Vokietijos karo mašinos sudėtį. Lietuvos vietinės rinktinės vadovybei nesutikus tarnauti vokiečiams, gegužės mėnesį ėmėsi žiaurių represijų – dalį savanorių sušaudė, kita dalis prievarta buvo išsiųsta į Vokietiją, didžiajai daliai pavyko pasitraukti, jie slapstėsi.
1944 m. reikėjo kuo skubiau paslėpti LLGS archyvą, kuriame buvo saugomi ir 4274 narių raštiški pareiškimai. 1944 m. rudenį, artinantis Raudonajai armijai, dalis LLGS valdybos narių pasitraukė į Vakarus, liko tik – P. Paulaitis, J. Bučiūnas, J. Sabaliauskas ir A. Kedys.
Artėjant Raudonajai armijai, P. Paulaitis suprato, kad teks susidurti su okupacine valdžia. Po kelių dienų Kalnėnuose pasirodė „Smeršo“ čekistai. P. Paulaičiui pavyko pabėgti.
Pogrindžio kovai buvo pasiruošta: sukaupti ginklai, spausdinimo priemonės. P. Paulaitis iš Jurbarko pasitraukė pas giminaičius Gervylius, į Mikutaičių II kaimą, vėliau – į Mantvilių girininkiją, kur ir toliau buvo leidžiami „Lietuviški atgarsiai“. Laikraštis turėjo savo nuolatinius skaitytojus ne tik Jurbarko valsčiuje, bet ir gretimose apylinkėse. Beje, platindamas „Lietuviškus atgarsius“ 1945 m. liepos 22 d. netoli Kidulių žuvo Vytautas Mickaitis.
Čekistams P. Paulaičio veikla kėlė daug rūpesčių. Raseinių apskrities MGB viršininkas plk. Sinycinas per spaudą paskelbė viešą laišką, siūlydamas P. Paulaičiui pasiduoti. Su tokiu siūlymu Paulaitis nesutiko ir per „Lietuviškus atgarsius“ davė pulkininkui atsakymą. Po kurio laiko vietoje „Lietuviškų atgarsių“ P. Paulaitis ėmėsi leisti „Laisvės varpą“, kuris vėliau tapo visos Kęstučio apygardos laikraščiu.
1946 m. antrojoje pusėje buvo suformuota Jungtinė Kęstučio apygarda (JKA), į kurios sudėtį įėjo ir „Trijų lelijų“ rinktinė, vadovaujama P. Paulaičio-Aido. Apygardos štabe Paulaitis užėmė Žvalgybos ir kontražvalgybos informacijos ir propagandos skyriaus viršininko bei „Laisvės varpo“ redaktoriaus pareigas. „Laisvės varpas“ buvo leidžiamas kas mėnesį, jo tiražas siekė iki 1000 egzempliorių.
1947 m. pavasarį JKA pasiekė žinia, kad atvyksta Bendrojo demokratinio pasipriešinimo sąjūdžio (BDPS) vadovas Juozas Markulis-Erelis. Su Ereliu susitikti išvyko Petras Paulaitis-Aidas ir Vaclovas Ivanauskas-Vytenis. Pokalbio metu partizanų ir Erelio nuomonės nesutapo. Dar didesnį įtarimą Erelis kėlė primygtinai reikalaudamas vesti jį nakvoti į štabavietę. Nei Aidas, nei Vytenis su tokiu reikalavimu nesutiko. Kilo įtarimas, kad J. Markulis-Erelis yra NKVD agentas. Vytenis siūlė Paulaičiui J. Markulio gyvo į Vilnių neišleisti. Tą kartą P. Paulaitis paprieštaravo Vyteniui, sakydamas, kad tokių įrodymų jie neturi. Tik, kai balandžio pradžioje, čekistų buvo apsuptas štabas, apygardos vadas Juozas Kasperavičius-Visvydas ir vado adjutantas Albinas Biliūnas-Džiugas susisprogdino, tapo aišku, kad tai NKVD agento J. Markulio-Erelio viešnagės rezultatas.
Sunaikintoje JKA štabo slėptuvėje liko dalis nesudegusių dokumentų, kurie pateko į čekistų rankas. Jiems pavyko iššifruoti dalį ryšininkų. P. Paulaitis-Aidas turėjo pasą Igno Pauliaus pavarde. Čekistams sulaikius Igną Paulių, jį, kaip įtartiną, nugabeno į Tauragėje esančią Šubertinę. Paulaitis, po ilgų kankinimų prisipažinęs kas esąs, buvo išvestas į kalėjimo kiemą atpažinti išniekintus J. Kasperavičiaus-Visvydo ir A. Biliūno-Džiugo palaikus.
P. Paulaitis buvo išvežtas į Vilnių ir nuteistas 25 m. lagerio ir dar penkeriems metams be pilietinių teisių. Išgabeno į Intos lagerį Komijoje. Iš Intos buvo perkeltas į 501 statybos lagerius, kur kaliniai per tundrą ir Uralo kalnus tiesė geležinkelį iki Obės upės. Tai buvo labai sunkios gyvenimo ir darbo sąlygos. P. Paulaičiui nebuvo leista net susirašinėti. Vienintelis atvirlaiškis pasiekė jo buvusių ryšininkų Andriulių šeimą. Andriuliai pasiuntė keletą maisto siuntinukų P. Paulaičiui. Tai padėjo jam išgyventi. Tačiau, nepaisydamas sunkumų, Paulaitis išlaikė savitvardą, taip stiprindamas tautiečių dvasią.
Po Stalino mirties, Vyriausybinei komisijai peržiūrėjus P. Paulaičio bylą, 1956 m. birželio 13 d. jis buvo išleistas į laisvę. Sugrįžęs į Lietuvą, apsigyveno Kaune. Čia vėl ėmė burti pogrindinę jaunimo organizaciją. 1957 m. rudenį organizacija buvo išaiškinta. 1958 m. balandžio 11–12 dienomis įvyko teismas. P. Paulaitis buvo nuteistas
25 metams lagerių. Įkalintas Dubravlago 11 lagpunkte, Javaso miestelyje. Šiame lageryje kalėjo ir Petras Girdžijauskas, kuris atsiminimuose apie P. Paulaitį rašė, kad Paulaitis, būdamas veiklus ir altruistiškas, sergantiesiems
kaliniams organizavo vaistų gavimą iš laisvės, pasiūlė idėją lageryje įkurti katalikiškos parapijos prototipą, kurią įgyvendinti teko P. Girdzijauskui.
Tuo metu lageryje kalėjo net septyni lietuviai kunigai, kurie aukodavo Šv. Mišias kaliniams. 1961 m. Dubravlago 10 punkte buvo pastatytas uždaras kalėjimas, kurį kaliniai vadino „akmeniniu maišu“. Jame net dešimt metų buvo kalinamas P. Paulaitis. Tačiau ir čia neprarado geros nuotaikos ir tikėjimo, kad visa tai baigsis ir Lietuva taps laisva. Įdomu tai, kad perauklėjimui į kalėjimą iš Lietuvos buvo gabenami net to meto garsūs kultūros, švietimo veikėjai, kolūkių pirmininkai. Tačiau tai nepaveikė politinio kalinio įsitikinimų. Iš viso nelaisvėje Petras Paulaitis praleido 34 metus, 2 mėnesius ir 1 dieną.
Baigiantis kalinimo laikui, Lietuvoje gyvenę buvę bendražygiai, tarp jų kun. A. Svarinskas, rūpinosi, kad P. Paulaitis turėtų kur sugrįžti, nebūtų uždarytas į senelių namus Rusijoje. Kretingoje jam parūpino vieno kambario butą, kur galėtų gyventi, būti priregistruotas.
Paulaitis iš lagerio sugrįžo 1982 m. spalio 30 d., būdamas jau 78 metų amžiaus.
Čekistai pargabeno Paulaitį į Vilnių, padarė ekskursiją, vežiodami „Volga“ po centrines sostinės gatves. Nuvežė ir į rūbų parduotuvę, kur už lageryje uždirbtus P. Paulaičio pinigus buvo nupirktas kostiumas. Saugumiečiai nupirko bilietą kelionei į Kretingą. Paulaitis nepaisydamas instrukcijų, pirmiausia aplankė savo geradarius, o tik po to pasiekė Kretingą. Kretingoje jam buvo įvestos komendanto valandos.
Ir toliau P. Paulaitis nebuvo paliktas ramybėje, bendražygių teisiškai parūpintas butas jam neatiteko. Gyventi į savo namus priėmė kretingiškiai Zita ir Jonas Kubiliai, kur jį, sunkiai sergantį, slaugė iki mirties. Mirė 1986 m. vasario 19 d. Palaidotas Kretingos kapinėse.
