Tarptautinė muitinės diena švenčiama nuo 1983 metų. 1952 metais pradėjo veikti muitinių bendradarbiavimo konvencija. Tuomet Briuselyje dėl bendradarbiavimo tarėsi 17-os Europos šalių muitinių tarnybų vadovai.
Manoma, kad Lietuvos muitinės pradėjo kurtis dar XI-XIII amžiuje. Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės muitinės, jų valdymas ir struktūra galutinai išplėtota XVI a.
1795 metais po trečiojo valstybės padalijimo Lietuva buvo prijungta prie Rusijos imperijos. Muitinės perėjo Rusijos žinion, buvo įkurta naujų. XIX a. viduryje Rusija pradėjo nuolat reformuoti muitines ir muitų sistemą. Visiškai ji susiformavo ir išliko iki XX a. pradžios.
Lietuvos muitinės įkūrimo diena laikoma 1919 m. gegužės 8-oji, kai įsigaliojo Laikinieji muitinių įstatai. 1940 m. Sovietų Sąjunga, okupavusi Lietuvą, Respublikos muitinę panaikino.
Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, 1990 m. spalio 9 d. priimtas Laikinasis muitinės įstatymas. Tuomet ir pradėjo veikti atkurta Lietuvos muitinė. 1990 m. spalio 11 d. įsteigtas Muitinės departamentas.
